商品一覧画面にてBOX親商品を選択すると商品ページが一瞬表示されることがあるが、直接BOXページヘ遷移させることはできますか？

テーマファイルにコード編集を行えば可能です。

商品一覧ページのファイルにて、BOX親商品をクリックした際の遷移先がBOXのURLとなるようコード編集してください。

BOXのURLは下記の箇所から確認できます。