定期購入者だけの割引設定はできますか?

はい、できます。通常の商品の価格に対して、「固定の価格」「%」にて割引設定頂けます。設定については、3. 定期購買のプランを作成する をご確認ください。

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割引された金額は商品詳細ページに表示反映されます。
単品購入の場合
定期購入で割引適用後の場合